Если хорошенько обкуриться, то в любом аниме можно найти философский смысл.
А если серьезно, то сходу могу вспомнить только эти:
Мастер Муши - великолепная умиротворяющая атмосфера, располагающая к размышлениям, много странных вещей, о которых идёт речь в аниме.
Стальной алхимик - о равноценном обмене и о том, что в жизни не всё так просто как хотелось бы.
Гантц - о прогнивающей человеческой сущности. Очень жизненно.
Принцесса Мононоке - одно из более-менее взрослых аниме Миядзаки.
Время Евы, Призрак в доспехах - о том, где кончается машина и начинается человек. Первое лёгкое и с оттенками грусти, второе мрачное, сложное, заумное.
Код Гиасс и Тетрадь смерти - динамичные, запутанные, атмофсерные сериалы со смыслами о добре и зле, а главное - об их методах. Написал чисто для галочки - вдруг не смотрели.

С ходу больше и не припомню.