Слепота скорее всего остаточное явление от всего вируса что он через себя пропустил, хотя в финале видно что он смотрит в планшете видео выступления Инори.
P.S Конец конечно грустный, но если задуматься то в аниме было сказано что Ману можно воскресить если поместить ее душу в подходящее тело, то есть в мире аниме есть души, а значит когда Сю умрет (неважно отчего и когда) то его душа встретится с Инори можно сказать в раю, то есть он еще увидит Инори.

Про зрение не помню, но...
Он ведь сам создал недостающую руку, а в конце её просто заменили на металлическую.