С чего ты взял что ангелы не уничтожают людей? Грешников еще как , а в аниме там вроде ангелы летели к Адаму заточенному людьми , а значит они грешники и безбожники . И да в аниме было четко сказано что Бога ученые уничтожили , то есть ангелы могли и обезуметь

Более правильно сказал Hadeus. Уточню.
Nerv — вымышленное специальное агентство ООН, созданное и возглавляемое Гэндо Икари и обязанная защищать Землю от Ангелов с помощью использования Евангелионов.
Логично, что где упоминаются ангелы, там же рассматривается христианство. И вообще, в аниме часто упоминается именно религия христиан, а не какая либо другая.